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Se presenta una investigación de innovación tecnológica para el mejoramiento de la gestión de los procesos de los departamentos de Ciencia, Tecnología e Innovación de las facultades de Ciencias Médicas; este estudio se efectuó en la Facultad de Ciencias Médicas “General Calixto García” en el 2014. Se realizó el diseño de un sistema de información en forma de aplicación web en HTML, como método organizado para brindar y recopilar información sobre los procesos gerenciales y estratégicos, el cual cumple finalidades como programa educativo desde los principios de la educación avanzada. Sus componentes quedaron estructurados en las dos dimensiones del sistema de ciencia, tecnología e innovación: producción intelectual e innovación tecnológica, que se desglosaron en 10 indicadores, con escalas de evaluación por nivel de cumplimiento en un plazo de tiempo. Este sistema ofrece diversas ventajas, como bajo costo, fácil accesibilidad y operativo, lo cual permite una mayor eficiencia, eficacia y optimización del tiempo en la gestión de los procesos de ciencia, tecnología e innovación.